Флуоресцентная микроскопия основана на регистрации флуоресценции образцов, меченных флуорофорами или способных испускать свет флуоресценции самостоятельно. Данный метод широко используется в биологии и медицине, стимулируя разработку сложных выскотехнологичных систем визуализации и многочисленных аксессуаров.

Флуоресцентная микроскопия является основным инструментом для мониторинга физиологии клеток. Хотя концепция регистрации флуоресценции и оптического разделения излучения с использованием фильтров остаются схожими, конструкция микроскопов варьируется с целью повышения контрастности изображения и пространственного разрешения. Данный метод используется вместе с широкопольной микроскопией, лазерной сканирующей конфокальной микроскопией, мультифотонной микроскопией, сканирующей дисковой конфокальной микроскопией, микроскопией сверхразрешения и т. д.